Naja, ich würde von toten Ratten (oder Tauben) nicht direkt auf schlechte Wasserqualität schließen. Wegen schlechter Wasserqualität sind die da jedenfalls ganz sicher nicht verendet. Eher schon könnte man auf eine biologische (also Viren/Bakterien) Verschmutzung durch die toten Ratten schließen. Halte ich aber bei dem Verhältnis von Wasser zu Kadaver für unwahrscheinlich.
Was Schwermetalle etc. angeht: es gibt innerstädtisch ja keine Einleitungen, zumindest keine längerfristigen oder stark verunreinigten, geschweige denn mit Schwermetallen oder anderen toxischen Stoffen. Anders sieht es dagegen weiter stromab aus, da leitet dann das Klärwerk Ruhleben jede Menge geklärtes Abwasser ein, welches dann durch die Spree in die Unterhavel gelangt. Geklärte Abwässer können noch eine gewisse Belastung (mal abgesehen von den organischen Resten) an toxischen Stoffen enthalten, in der Regel sind das gelöste Stoffe. Schwermetalle sind so gut wie nicht vorhanden, da sich diese zum allergrößten Teil an der Oberfläche von Feststoffen anhaften, welche zu 99% im Klärwerk verblieben sind.
Da nun sowohl die Fische aus z.B. der Dahme und dem Müggelsee als auch die Fische aus der Unterhavel laut offizieller Stellen nicht nur zum Fang, sondern auch zum Verkauf und Verzehr freigegeben sind, kann man daraus auch auf die Fische aus der Stadtspree auf Genießbarkeit schließen.
Aber ob es sehr appetitlich ist, Fisch zu essen, den man neben einer toten Ratte gefangen hat - das muss man dann selber wissen. Ich für meinen Teil angel an solchen Stellen erst gar nicht

Ich angel ja schließlich zum Vergnügen.
Gruß,
Wolf
PS: sicherlich nicht das, was die hier vertretenen Stadtspreeangler lesen wollten, aber so ist das nun mal.